为了救神谷薰（武井咲饰），绯村剑心（佐藤健饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与天意的对手志志雄最终的角力我会在地狱等你。前辈，是时代选择了你。志志雄在最后的对决时对剑心说。前一句倒真是贴切，恐怕在地狱相见的，除了志志雄和剑心，还有斋藤苍紫宗次郎以及所有手上沾满鲜血的人。后一句恐怕就有些不对了，他们，他们所有人，没有谁被时代选择，到最后，他们都被时代抛弃了。剑心从来就没逃脱过他的困境。虽然在电影里面，巴被虚化成了一个抚尸痛哭的背影，那仍然是剑心杀人的转折点。在之前，他只是在杀人，他没有意识到他要承担的那些罪责。在之后，他除了杀人，还承担了所有的内疚与痛苦。所以在海边，当他听见自己的罪状时，就算只是做戏，他也真正地，在心里又把自己凌迟了一次。他早就在心里清楚，他这样的人，无论有什么理由，无论怎么赎罪，都是会下地狱的。在上一部就已经说过，在和平的时代，他只想做一个普通的人，不再杀人。他跟别人不同的，不过就是一身剑术，还有能够舍弃自己的习惯罢了。就是这两样，被无数人，以无数的理由，利用了无数次。志志雄要推翻政府，于是政府要他杀死志志雄维护国家的和平安定。苍紫走进偏执的极端，密探首领要求他杀死苍紫以免堕落的苍紫继续危害人间。志志雄要求处决剑心，政府为了保存实力，真的满大街地通缉他们求着来拯救日本的